Quels sont les protocoles d'échantillonnage de sol les plus efficaces pour une analyse PCR?
1 réponse
Un protocole d'échantillonnage optimal pour une analyse PCR dépend du type d'organisme ciblé, de la question scientifique posée (s'agit-il d'estimer la biodiversité globale, de détecter des espèces précises...) ainsi que de contraintes statistiques, logistiques et financières.
Idéalement, une stratégie d'échantillonnage maximise le signal biologique tout en minimisant l'effort d'échantillonnage. Les échantillons collectés doivent être le plus représentatifs possible de l'écosystème étudié : ceci implique la détermination préalable des différents habitats en place et la réalisation de réplicats biologiques. De plus, l'étendue de la zone à échantillonner ainsi que la résolution d'échantillonnage sont des paramètres importants à prendre en compte.
L'échantillonnage peut être systématique, lorsqu'il existe des gradients environnementaux ou que l'objectif est d'analyser l'influence des distances, ou bien aléatoire. Dans le cas d'un environnement hétérogène, la discrétisation en unité et un échantillonnage stratifié peuvent permettre d'augmenter la représentativité des échantillons collectés. Toutes les unités échantillonées doivent être collectées dans des conditions standardisées pour être comparables.
Enfin, il faut se demander quel volume de sol est optimal pour l'extraction d'ADN, et si ce volume provient d'un point de prélèvement unique ou du pool de plusieurs points de prélèvement. Le sol peut également faire l'objet d'un tamisage : la fraction passante sera enrichie en particules inorganiques et microorganismes, tandis que la fraction retenue sera plutôt utile pour l'étude de la méiofaune et sera moins riche en substances inhibitrices de la réaction PCR (acides inorganiques et humiques). Un sol non tamisé sera plus approprié dans le cadre d'une étude taxonomique globale.
Pour déterminer l'ensemble de ces paramètres et aboutir à une stratégie d'échantillonnage optimale pour une analyse PCR, une étude pilote peut être conduite en amont.
Pour plus d'informations, n'hésitez pas à vous référer à l'ouvrage suivant : Taberlet P, Bonin A, Zinger L, Coissac E. (2018) Environmental DNA For Biodiversity Research and Monitoring. Oxford university Press.
Autres questions sur le même sujet
Quels sont les paramètres du sol à évaluer face à une situation de pollution (type de sol, air/eau, argile, polarité...)?
Dernière réponse : Pouvez-vous expliquer l'impact de la nature géologique sur la migration des polluants ?
J'achète un terrain sur lequel se trouvait un atelier de carrosserie avec cabine de peinture. Comment être sûr que les sols ne sont pas pollués ? Toutes les cabines doivent-elles équipées de filtres pour récupérer les boues de peintures ?
Dernière réponse : bonjour afin de vérifier si les sols vous devez faire des sondages de sols par un bureau d'étude. cordialement
Existe-il une réglementation sur la méthode à employer concernant l'extraction, le transport des matériaux contaminés ? Quels sont les sites adaptés a la dépollution des sols matériaux ? L'entreprise de terrassement doit-elle être titulaire de qualification spécifique ?
Dernière réponse : Bonjour, Il y a bien une réglementation. Le choix des filières de traitement dépend du type de pollution. Desraitement in-situ et sur site sont également possible. Lire plus
Pour une dépollution des sols, comment savoir s'il faut faire un traitement in-situ ou ex situ?
Dernière réponse : Bonjour, plusieurs traitements sont possibles pour un même projet que ce soit de l'in-situ, sur site ou hors site. Cela dépendra directement du site avec ses caractéristiques... Lire plus
Doit-on forcément faire un carottage pour faire un prélèvement d'échantillons sur sol?
Dernière réponse : Non, il n'est pas strictement nécessaire de réaliser un carottage pour effectuer un prélèvement d'échantillons sur sol. Bien que le carottage soit une méthode courante et très efficace pour obtenir... Lire plus
Quelles sont les normes en vigueur sur les prélèvements de sol pour effectuer des analyses de pollution ?
Dernière réponse : Les prélèvements de sol pour des analyses de pollution doivent respecter des normes et des procédures strictes afin de garantir que les échantillons soient représentatifs et que les résultats des... Lire plus
Je cherche une sonde qui puisse mesurer pour un échantillon de sol : température, salinité, oxydation et humidité. Que recommandez-vous?
Dernière réponse : Bonjour, Vous pouvez vous renseigner sur la sonde tdr 150 vendue par sdec. Elle mesure l'humidité volumique. Elle donne aussi la température et une valeur de conductivité... Lire plus
A quelle profondeur on procède un prélèvement d'un sol pollué par les ETM et BRIX et HAP ?
Dernière réponse : Bonjour, Votre question mériterait d'être contextualisée. Il n'y a pas de profondeur de prélèvement a priori. Lire plus
Quelles sont les méthodes et normes en vigueur pour l'échantillonnage des sols en France, en Europe et à l'international?
Dernière réponse : L'échantillonnage des sols est une discipline hautement technique qui doit respecter des normes strictes pour assurer l'exactitude et la reproductibilité des résultats. Lire plus
Quelles stratégies et méthodes sont recommandées pour l'échantillonnage d'un site contaminé par des hydrocarbures ?
Dernière réponse : L'échantillonnage d'un site contaminé par des hydrocarbures doit être conduit en suivant un protocole strict afin d'évaluer précisément l'ampleur et la nature de la contamination. Lire plus