Les microorganismes présents dans les sols jouent de nombreux rôles, parmi lesquels :
Dans le cadre d'une réhabilitation de la qualité des sols, leur capacité à dégrader ou transformer des contaminants est exploitée.
Cette habilité est liée à leur mode de vie et leurs besoins nutritifs (énergie, source de carbone, source d’autres éléments). Les microorganismes exploitent les ressources à leur disposition et ont, au cours de leurs évolutions, acquis la capacité d’utiliser ou de se protéger de nombreux composés chimiques. Cette exploitation (dégradation ou transformation) de la ressource peut être complète (consommation de la molécule) ou partielle (production de sous-produit non dégradable) et peut, pour certains composés particuliers, augmenter le risque sanitaire de la pollution vis-à-vis de l’homme (ex : le chlorure de vinyle). Enfin, ces voies d’exploitation de la ressource peuvent impliquer un microorganisme ou une constellation de microorganismes pour effectuer la réhabilitation complète du sol.
Les composés organiques (molécule contenant un carbone C lié) sont le plus souvent la cible de traitement de réhabilitation mais de nombreux autres composés (soufre, azote, certains métaux lourds, etc.) peuvent faire l’objet de remédiation en utilisant la microbiologie des sols comme voie de traitement.
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